Farní sbor ČCE Litoměřice vzniká 1.8.1947 z kazatelské stanice sboru ČCE v Třebenicích, a to převážně z několika set členů ČCE, kteří spolu s ostatními novousedlíky přišli po válce do Litoměřic a okolí na místo vyhnaných obyvatel německé řeči. O vznik sboru se nejvíce zasloužil první kurátor sboru JUDr. Jaroslav Derfl a tehdy ještě vikář Josef Voborník, který však záhy nastupuje na místo faráře v Soběhrdech.
V březnu 1948 přichází do sboru farář Vlastimil Sláma, který vede sbor až do svého několikaměsíčního věznění z politických důvodů a následného zákazu kazatelské práce v roce 1971. Sbor je administrován a jen těžko se s touto situací vyrovnává.
Farář Miroslav Pechar, který přišel po tříleté sboru do sboru v roce 1974, umírá náhle v roce 1986. Během jeho působení se v roce 1981 stává novým kurátorem Josef Opočenský. Sbor je opět administrován.
V dramatických listopadových dnech 1989 propůjčuje kurátor Opočenský na vlastní zodpovědnost uprázdněný farářský byt pro činnost Občanského fóra. Sborový dům se tak stává na několik měsíců centrem Sametové revoluce v okresu, což vysoce oceňuje prezident Václav Havel při své návštěvě Litoměřic roku 1990.
Roku 1991 se po dvaceti letech krátce vrací do sboru farář Vlastimil Sláma a v roce 1992 nastupuje jako duchovní chartista Zdeněk Bárta. V tomto roce se též provádí rozsáhlá rekonstrukce sborového domu, při níž vznikají také prostory pro nové středisko Diakonie ČCE v Litoměřicích, které tak ve sborovém domě svého partnerského sboru zakládá své centrum.
Roku 2000 odchází mimo službu farář Zdeněk Bárta, neboť byl zvolen českým senátorem. A roku 2002 umírá kurátor Josef Opočenský a na jeho místo je zvolena Eva Radimská.
Teprve roku 2004 přichází na sbor nová farářka. Byla to Rut Brodská, která sloužila jako naše duchovní až do roku 2010, kdy odešla se svým manželem do Hradce Králové. Sbor pak od října do března administroval senior Jan Kupka.
Od dubna 2011 byl výročním shromážděním opět zvolen farářem Zdeněk Bárta zatím na dobu jednoho roku. V roce 2015/2016 prochází důkladnou rekonstrukcí interiér sborového bohoslužebného prostoru, rekonstrukci navrhla a realizovala architektka Karolína Lopourová.
V dubnu 2017 odchází Zdeněk Bárta jako farář do důchodu a již se věnuje pouze práci v partnerském středisku Diakonie. Jeho nástupcem se stává Jiří Šamšula. Spolu s ním zahajuje práci částečně obměněné staršovstvo v čele s kurátorkou Danuší Opočenskou.
Zatímco Diakonie si připomíná 25 let od svého založení, sbor slaví své 70. „narozeniny“.
V roce 2023 nastávají opět velké změny. Nové staršovstvo vede kurátor Martin Svatoš a po šesti letech služby se Jiří Šamšula přesouvá na farářské místo v blízkých Třebenicích. Zůstává však s Litoměřicemi propojen skrze své působení v naší Diakonii.
Jako svého sedmého faráře si litoměřický sbor po krátkém administrování Tomášem Junem zvolil čerstvého absolventa vikariátu Benjamina Rolla.